با وجودی که از مزایای phpnuke گفتیم ولی نمی توان امنیت و سرعت آن را تضمین نمود . با وجودی که بسیاری از سایت ها از این سیستم استفاده می کنند ولی بعضی از این سایت ها که از این سیستم استفاده کرده اند نیز هک شده اند . چون امروزه سایت های بسیاری از این سیستم استفاده می کنند به همین دلیل هکرها نیز در پی یافتن راه هایی برای هک کردن این سایت ها می باشند به همین دلیل این سیستم در ورژن های مختلف و با قابلیت های جدید به بازا ارائه می شود در واقع امکانات جدیدتر برای جلوگیری از هک شدن در ورژن های جدید تر ارائه می شود ودر صورتی که از ورژن پائین تر استفاده می کنید با نصب یک ورژن جدید تر اطلاعات نسخه قبلی تان از بین نخواهد رفت. چون این سیستم دارای مشکلات امنیتی می باشد لازم است که همیشه patch های ارائه شده را نصب کنید برای این کار می توانید به سایت http://www.nukersources.com مراجعه نمایید.