شاید طراحی سایت به صورت تمام فلش ممکن است به زیبایی سایت کمک کند اما دارای معایبی است که در ادامه به آنها اشاره شده است.
حجم بالای سایتهای فول فلش:
معمولاً اینگونه سایتها به خاطر استفاده فراوان از تصاویر، آبجکتها، متون و افکتهای حرکتی، حجم بسیار بالاتری نسبت به وبسایت های استاندارد دارند. حجم زیاد سایت، سرعت لود صفحه را افزایش می دهد و در این گونه موارد ممکن است کاربر منصرف شود یا اشتیاق کمتری برای بازدید دوباره سایت داشته باشد. از طرفی اگر مرورگر کاربر فلش پلیر نداشته باشد، زمانی نیز برای دانلود و نصب آن صرف میشود.
عدم امکان داینامیک نمودن محتوا:
در برخی موارد به علت استفاده از آبجکتهای گرافیکی امکان داینامیک نمودن محتوا وجود ندارد و در اینگونه موارد تغییرات بایستی توسط طراح انجام شود.
عدم ایندکس شدن محتوای سایتهای فول فلش توسط موتورهای جستجو:
یکی از مشکلات مهمی که طراحی سایت Full Flash دارد این است که توسط موتورهای جستجو ایندکس نمی شوند.
در سالهای اخیر گوگل اقداماتی برای ایندکس کردن این صفحات ارائه داده اما کارایی کافی را ندارد و کل سایت را به عنوان یک صفحه شناسایی می نماید. به فرض مثال اگر سایتی با 20 لینک داشته باشیم در سایتهای تمام فلش موتورهای جستجو تمام آن 20 صفحه را یک صفحه در نظر می گیرد در حالیکه در سایتهای استاندارد، تعداد صفحات ایندکس شده توسط موتورهای جستجو 20 صفحه است.
هزینه بالای طراحی سایت به صورت فول فلش و پشتیبانی:
معمولاً طراحی سایتهای فول فلش که از قابلیتهای فلش بهترین استفاده می برند هزینه برتر هستند. ضمن آنکه پشتیبانی آنها نیز مشکل است.